Johdanto
JSmoliin on mahdollista ladata proteiinien rakenteita Protein Data Bank -tietokannasta (PDB). Se on tärkein ja korkealaatuisin proteiinitietokanta maailmassa ja sen sisältämät tiedot ovat vapaasti kaikkien käytettävissä. Tietokanta on koottu ja sitä ylläpidetään Yhdysvaltojen tutkimusrahoituksella. Tietokannan sisältämät rakenteet on kerätty tutkijoilta ympäri maailmaa, kansainvälisenä yhteistyönä.
Tutustutaan syklo-oksygenaasientsyymin sekä sen toimintaa sitoutumalla inhiboivan ibuprofeenin kompleksiin.
Syklo-oksygenaasientsyymit muuttavat arakidonihappoa prostaglandiineiksi - kivun välittäjäaineiksi. Ibuprofeeni estää tätä kemiallista prosessia tapahtumasta sitoutumalla entsyymiin ja siten lievittää lipua.
Proteiini-ibuprofeenikompleksin lataaminen
Käynnistä aluksi JSMol uuteen selaimen välilehteen.
Ladataan syklo-oksygenaasientsyymin ja ibuprofeenin kompleksi (4PH9) PDB-tietokannasta. Anna JSmol-konsolikomento
load =pdb/4PH9
JSmol näyttää mallin ensin pallo-tikku -mallina, mutta tämä ei ole kovin hyödyllinen proteiineille, koska atomeja on niin paljon. Anna konsolikomento:
cartoon only; color structure;
Tämä komento poistaa näkyvistä sitoutuneen ibuprofeenin (IBP601) atomit. Palauta ne näkyviin antamalla komento:
select IBP601; wireframe 0.15; spacefill 23%;
Kompleksin tutkiminen
Mallin pitäisi nyt näyttää suunnilleen tältä. Sarjakuvamainen rakenne kuvaa proteiinin sekundäärirakennetta. Kierteiset sauvamaiset punaiset osat ovat α-kierteeksi laskostunutta proteiinia ja keltaiset rinnakkain asettuvat osat β-levyjä. Tutki mallia ja tee havaintoja proteiinikompleksin rakenteesta.
Havintojesi perusteella, millaisesta kompleksista on kyse.